La FNEGE a eu pour mission, à l'origine, de développer en France l'enseignement supérieur de gestion pour le porter à un niveau comparable à celui des grands pays industrialisés.

Les programmes qu'elle a alors financés ont permis, dans un premier temps, la formation d'un corps professoral de gestion de haut niveau. Dans un second temps, la FNEGE a favorisé le développement de la recherche en gestion (formations doctorales, associations académiques, publications, notamment la Revue Française de Gestion).

Ces dernières années, la FNEGE a beaucoup contribué à l'internationalisation des établissements français de gestion, soit en aidant à la délocalisation de programmes, soit en facilitant des partenariats avec des établissements étrangers.

La FNEGE est un lieu d'échanges privilégié entre les Universités, les Instituts d'Administration des Entreprises (IAE), les Grandes Ecoles de Gestion et les entreprises.
Elle propose aux établissements une gamme de services, tels que des tests d'aptitude pour la sélection des étudiants, des séminaires pour doctorants et enseignants de gestion, une aide au recrutement de professeurs...

Par ailleurs, elle organise régulièrement des forums permettant le débat sur des thèmes d'intérêt commun (Rencontres Nationales de l'Enseignement de la Gestion, Journées Recherche, Colloques....).

Le Conseil d'Administration de la FNEGE est paritaire, composé de représentants des pouvoirs publics et d'entreprises. Son Président est un dirigeant d'entreprise.